Jednak, Naoko wciąż udusił pierwszą Rei Ayanami, kiedy dziecko powiedziało, że Gendō uważał Naoko za "starą wiedźmę" i już nie przydatną (podobieństwo Rei do Yui również mogło być było czynnikiem, ponieważ twarz Yui pojawia się nałożona na twarz Rei 1, gdy rozmawia z Naoko).
Kto zabił Rei?
Rei Byłem pierwszym wcieleniem i zostałem zamordowany przez Naoko Akagi w 2010 roku (jak pokazano w odcinku 21). Rei II pojawia się w pierwszym odcinku i pojawia się w większości odcinków wcieleń. Umiera, kiedy poświęca siebie i Unit-00, aby zniszczyć Armisaela w odcinku 23.
Czy mama Ritsuko zabiła Rei?
W retrospekcji w tomie 10 ujawniono, że Ritsuko była świadkiem, jak jej matka zabija Rei I i popełniła samobójstwo, skacząc ze szczytu rdzenia komputera MAGI. Gendō podszedł również do Ritsuko w dniu pogrzebu jej matki i poprosił ją o przejęcie obowiązków Naoko w NERV-ie.
Kto udusił Rei?
W napadzie wściekłości Naoko udusił Rei I na śmierć, a następnie popełnił samobójstwo. Wkrótce potem rozwiązano GEHIRN, a na jego miejsce utworzono organizację NERV. W obj. 10 mangi pokazuje, że Naoko popełniła samobójstwo po zabiciu Rei I. Ritsuko jest świadkiem zarówno morderstwa Rei, jak i samobójstwa Naoko.
Czy Rei umarła odcinek 21?
Gendo mówi Fuyutsukiemu, że zamierza zaproponować Projekt Instrumentalności Ludzkiej. Ritsuko dołącza do Gehirna i odkrywa romans swojej matki z Gendō. Niedługo potem zostaje przedstawiona młoda Rei Ayanami, której siedziba pokazuje Gendo Ikari. … Kaji uśmiecha się do swojej mordercy Rei jest zagubiona i przychodzi do Naoko.
