BLAST to algorytm komputerowy, który jest dostępny do użytku online w witrynie National Center for Biotechnology Information (NCBI), a także w wielu innych witrynach. BLAST może szybko dopasowywać i porównywać sekwencję zapytań DNA z bazą danych sekwencji, co czyni ją krytycznym narzędziem w trwających badaniach genomicznych.
Czy BLAST jest podstawową bazą danych?
BLAST to oprogramowanie najczęściej używane w badaniach bioinformatycznych. Jego główną funkcją jest porównywanie interesującej sekwencji, sekwencji zapytania, z sekwencjami w dużej bazie danych BLAST, a następnie zgłasza najlepsze dopasowania lub „trafienia” znalezione w bazie danych. Ten prosty program ma dwa podstawowe zastosowania.
Czy NCBI jest bazą danych?
NCBI przechowuje serię baz danych związanych z biotechnologią i biomedycyną i jest ważnym źródłem narzędzi i usług bioinformatycznych. Główne bazy danych obejmują GenBank dla sekwencji DNA i PubMed, bibliograficzną bazę danych literatury biomedycznej. Inne bazy danych obejmują bazę danych NCBI Epigenomics.
Czy BLAST jest używany tylko w bazach danych NCBI?
BLAST jest dostępny w sieci na stronie NCBI. Różne typy BLAST są dostępne zgodnie z sekwencją zapytań i docelowymi bazami danych.
Jak działa baza danych BLAST?
Jak działa BLAST? BLAST identyfikuje sekwencje homologiczne przy użyciu metody heurystycznej, która początkowo znajduje krótkie dopasowania między dwiema sekwencjami; w ten sposób metoda nie bierze pod uwagę całej przestrzeni sekwencji. Po początkowym dopasowaniu, BLAST próbuje rozpocząć lokalne wyrównania z tych początkowych dopasowań.