Metagenomika jest zdefiniowana jako bezpośrednia analiza genetyczna genomów zawartych w próbce środowiskowej Dziedzina początkowo rozpoczęła się od klonowania środowiskowego DNA, po którym nastąpiło badanie przesiewowe ekspresji funkcjonalnej [1], a następnie szybko uzupełniono o bezpośrednie losowe sekwencjonowanie DNA środowiskowego metodą shotgun [2, 3].
Jak wygląda proces metagenomiki?
Metagenomika obejmuje pozyskiwanie DNA ze wszystkich mikroorganizmów w obrębie społeczności, bez konieczności identyfikowania wszystkich zaangażowanych gatunków. Po zsekwencjonowaniu genów i porównaniu ze zidentyfikowanymi sekwencjami można określić funkcje tych genów.
Jaka technika jest używana w metagenomice?
Próbka społeczności drobnoustrojów jest pobierana z wody morskiej, osadów, zwierząt gospodarza lub innego siedliska morskiego. Zebrane komórki są następnie poddawane lizie i DNA jest ekstrahowane z ich lizatu. Technika, która umożliwia metagenomikę, to sekwencjonowanie strzelbowe, które sekwencjonuje losowe regiony DNA w sposób nieukierunkowany.
Jakie są 3 kroki do badania metagenomiki?
Kroki i proces metagenomiki:
- Zbiór próbek:
- Ekstrakcja DNA:
- Przygotowanie próbki:
- Analiza próbki:
Jak wykonywana jest metagenomika funkcjonalna?
Funkcjonalna metagenomika obejmuje izolowanie DNA ze społeczności drobnoustrojów w celu zbadania funkcji zakodowanych białek. Obejmuje klonowanie fragmentów DNA, ekspresję genów w zastępczym gospodarzu i badanie przesiewowe pod kątem aktywności enzymatycznej.
